Lo sviluppo di questa "eresia" significò che nuovi principi, opposti a quelli della società feudale medievale avrebbe messo in pratica. Nel 1206 Domenico di Guzman cercò di predicare contro i Catari, ma non ebbe successo. Nel 1208, prendendo come pretesto l'assassinio del suo legato Pierre de Castelnau, papa Innocenzo III proclamò la crociata contro gli "eretici".
I nobili della Francia settentrionale guidati da Arnaud Amaury, abate di Citeaux, presero le armi. Re Filippo Augusto rimaneva cautamente a Parigi. Nel luglio del 1209, Béziers fu presa, la città intera fu distrutta, l'intera popolazione uccisa. Molti cittadini furono bruciati nella chiesa della Madeleine. Ai soldati che gli chiedevano come cogliere la differenza tra i Catari e i buoni cattolici, Arnaud Amaury pronunciò queste famose parole: "Uccideteli tutti, Dio li riconoscerà".
Carcassonne fu conquistata due settimane più tardi, nel mese di agosto del 1209. I territori dei nobili che avevano appoggiato il catarismo furono attribuiti a Simon de Montfort (Simone di Monforte), il capo dei crociati.
Monfort continuò a combattere e prese Minerve nel mese di luglio del 1210, ove fece bruciare 140 Catari che rifiutarono di ripudiare la propria fede. Caddero tutte le fortezze della regione dove gli atterriti Catari avevano cercato rifugio : Termes, Puivert, Lastours,… Il popolo chiama questo episodio della crociata "guerra dei castelli", che in realtà fu una vera guerra di conquista territoriale.
Nel 1215 Tolosa fu invasa dai Francese, ma il Conte presto riconquistò la sua capitale. Durante un secondo attacco nel giugno del 1218 Simon de Montfort perì, ucciso da una grande pietra gettatagli addosso dalle donne di Tolosa che difendevano le mura della città.
Dopo la sua morte i crociati si disorganizzarono del tutto e furono cacciati da Carcassonne nel 1224. Il re francese Luigi VIII dovette egli stesso incoraggiare i crociati e promosse una nuova offensiva !Ottenne buoni risultati, a tal punto che Raimondo VII, nuovo Conte di Tolosa, fu costretto a sottoscrivere il Trattato di Meaux (1229): in sostanza capitolò !
Nel 1233 papa Gregorio IX creò l'Inquisizione, la cui missione era cacciare e giudicare gli eretici.
La conquista territoriale era compiuta, ma il primo obiettivo della crociata, combattere il catarismo, fu una completa sconfitta.
I domenicani avevano la responsabilità dell'Inquisizione. Nel 1242 i due Grandi Inquisitori furono uccisi con la loro scorta in Avignonet - Lauragais (un villaggio situato tra Tolosa e Carcassonne) da un gruppo di cavalieri provenienti da Montségur.
A Montségur viveva una comunità catara molto importante, chevi si era stabilita dopo essere stata cacciata da ogni altro luogo. Questo villaggio collocato su un'altura e fortificato, simbolizzando il Catarismo, fu sconfitto dopo un lungo attacco (nove mesi), il 2 di marzo del 1244.
Il 16 di marzo più di 200 "eretici" furono bruciati al palo di fronte alla cittadella. Il luogo è ancor oggi chiamato "Camp dels Cremats" (Campo dei Cremati) in lingua occitana. Quei pali divennero il simbolo del loro martirio.
Il castello di Quéribus, situato nella regione del Corbières, fu l'ultimo bastione, l'ultima difesa del Catarismo, e fu sconfitto e occupato solo nel 1255.
Il re di Francia San Luigi immediatamente occupò la regione. La cittadella di Carcassonne fu considerevolmente fortificata.
La Contea di Tolosa fu annessa al Regno Francese nel 1271, quando Giovanna, l'ultima figlia dell'ultimo Conte e suo marito Alfonso, frato di Re San Luigi morirono senza figli. Una storia complicata, non credete?
