Elle faisait partie intégrante des bâtiments du collège qui subirent de nombreuses modifications et transformations au cours des ans.
Elle fut utilisée comme "museum" à la fin du 18e siècle, sous l'impulsion du peintre Jacques Gamelin (dont on retrouve nombre d'oeuvres au Musée des Beaux Arts ou à St Vincent). Des expositions de peintures y étaient organisées.
Pendant de longues décennies, la chapelle resta oubliée de tous, et se trouvait encore récemment dans un état de délabrement assez avancé. Elle a été entièrement restaurée, de manière assez remarquable.
Le contraste entre la façade nue et austère et l'intérieur est saisissant, le haut portail très sobre daté de 1720, ne laisse pas présager des petites merveilles qui se trouvent à l'intérieur. Tous les éléments baroques ont été restitués, en particulier les impressionnants plafonds à caisson, les balustrades et galeries, et le grand retable peint du choeur.
Très caractéristique également, la "Mirande", qui est le nom donné au clocher octogonal de style baroque qui surmonte le choeur de la chapelle.
Aujourd'hui, la Chapelle des Jésuites a retrouvé une vocation culturelle et "pédagogique", puisqu'elle est devenue l'auditorium de Carcassonne, pouvant accueillir près de 200 personnes.