En 1206, le futur Saint Dominique tente de prêcher contre les cathares. C'est un échec. En 1208, prétextant l'assassinat de son légat, Pierre de Castelnau, le pape Innocent III appelle à la croisade contre ces hérétiques.

Les seigneurs du Nord de la France, sous la conduite spirituelle d'Arnaud Amaury, abbé de Cîteaux, prennent les armes. Le roi Philippe Auguste reste prudemment en retrait.

En juillet 1209, Béziers est mise à sac, la population massacrée (c'est de cet épisode que vient le fameux "Tuez-les tous, Dieu reconnaîtra les siens", qui aurait été prononcé par Arnaud Amaury lui-même).

Carcassonne est prise à son tour en août 1209. Les terres des seigneurs qui avaient soutenu le catharisme sont attribuées à Simon de Montfort, qui poursuit la croisade. En juillet 1210, il prend Minerve et fait brûler les 140 cathares qui refusaient d'abjurer leur foi. Les châteaux de Termes, Puivert, Lastours tombent à la suite. C'est ce qu'on appelle la "Guèrra dels castèls" (la Guerre des châteaux), véritable guerre de conquête territoriale.

A Muret (banlieue sud de Toulouse) en 1213, Simon de Montfort défait les armées coalisées de Pierre II d'Aragon et de Raimond VI, Comte de Toulouse, pourtant très supérieures en nombre. Pierre II est tué dans la bataille.

En 1215, c'est Toulouse qui est investie.

Mais très rapidement les comtes de Toulouse reconquièrent leur capitale. Lors d'un second siège en 1218 devant Toulouse, Simon de Montfort est tué, au grand soulagement des populations occitanes.

Les croisés sont repoussés et chassés de Carcassonne en 1224. Il faut l'intervention personnelle du roi de France Louis VIII pour relancer l'offensive. En 1229, Raimond VII, nouveau comte de Toulouse, signe à Meaux un traité de capitulation.

Dès 1233, le pape Grégoire IX crée l'Inquisition afin de pourchasser et juger les hérétiques. Car si la conquête territoriale est accomplie, le but premier de la croisade, la lutte contre le catharisme est encore un échec.

Le village perché et fortifié est pris après un long siège de 9 mois, le 2 mars 1244. Le 16 mars 1244, plus de 200 hérétiques sont brûlés au pied du château, dans ce qu'on appelle depuis lors le "camps dels cremats". Ce bûcher deviendra le symbole de leur martyr. Le village est rasé, car considéré comme impur.

Très rapidement ensuite, le roi de France Louis IX (Saint Louis), assure sa domination sur la région en prenant les derniers hauts-lieux de la résistance cathare et des seigneurs méridionaux "faidits" (dépossédés). La citadelle de Carcassonne est alors considérablement renforcée.

Le comté de Toulouse est rattaché à la Couronne de France en 1271, à la mort de Jeanne, fille unique du dernier comte de Toulouse et de son époux Alphonse de Poitiers, frère de Saint Louis, morts sans descendance. En 1321, on mènera au bûcher de Villerouge Termenès dans les Corbières, le dernier parfait cathare connu, Guilhèm Belibaste.

Les Dominicains seront donc chargés de cette tâche. En 1242, deux grands inquisiteurs sont assassinés avec toute leur suite à Avignonet Lauragais (entre Toulouse et Carcassonne), par une troupe de chevaliers descendus de Montségur, où vit une importante communauté de cathares.

Montségur était devenu le siège de l'église cathare pourchassée.