Les vitraux du choeur et les deux grandes roses retiennent particulièrement l'attention. Les murs ont presque totalement disparu, laissant place à ces grandes verrières qui inondent le choeur de lumières multicolores. Une grande partie de ces vitraux exceptionnels datent des 13e et 14e siècles, et nous sont parvenus quasiment intacts.
Les vitraux se lisent de gauche à droite, et de bas en haut !
Dans le choeur, le vitrail central illustre la vie de Jésus (fin 13e siècle), et de part et d'autre, la vie des Apôtres Pierre et Paul sur le côté Nord, et celle de Saint Nazaire et Saint Celse, patrons de l'église, sur le côté Sud (vers 1320).
Les deux verrières intermédiaires sont plus récentes, elles ont remplacé des vitraux jugés vétustes au 16e siècle : les vies de Ste Anne et St Joachim et la Nativité à droite ; St Celse présentant les saints locaux, Hilaire et Gimer à St Nazaire à gauche. Les personnages y sont richement vêtus, et représentés dans un format beaucoup plus grand.
L'Arbre de Vie, véritable chef d'oeuvre qui a inspiré les artistes de toute la France méridionale, orne la chapelle de la Croix dans le transept Sud. Il fut monté vers 1315-1320. Dieu a planté dans le paradis terrestre cet arbre pour offrir aux hommes les fruits de l'immortalité. Mais il se termine par la Croix, symbole du sacrifice du Christ, venu racheter le genre humain.
Les roses sont elles aussi exceptionnelles. La rose Nord est la plus ancienne (vers 1300), et comme c'est bien souvent le cas pour les roses septentrionales, elle est dédiée à la Vierge Marie.
La Vierge y apparaît au centre, encadrée par les anges et les saints. Un léger effet d'optique lui donne l'impression de tourner, car elle est parfaitement ronde, aucun autre vitrail ne vient perturber ce cercle parfait, et les arcatures décoratives qui l'entourent sont dissymétriques
La rose Sud est quant à elle consacrée au Christ trônant en majesté dans le quadrilobe central. Celle-ci ne donne pas la même impression de rondeur, car deux écoinçons de verre la supportent.
Sur ces écoinçons figurent Pierre et Paul et les armes de Pierre de Rochefort, évêque de Carcassonne. Les arcatures sont de ce côté parfaitement symétriques. Les couleurs de la rose Sud sont également bien plus vives que celles de la rose Nord.
